根据《工商总局税务总局关于做好“三证合一”有关工作衔接的通知》规定，已实行“三证合一、一照一码”登记模式的企业办理注销登记，申请人应持税务机关出具的《清税证明》，向企业登记机关申请办理注销登记。
《国家税务总局关于落实“三证合一”登记制度改革的通知》进一步明确，已实行“三证合一、一照一码”登记模式的企业办理注销登记，须先向税务主管机关申报清税，填写《清税申报表》。企业可向国税、地税任何一方税务主管机关提出清税申报，税务机关受理后应将企业清税申报信息同时传递给另一方税务机关，国税、地税税务主管机关按照各自职责分别进行清税，限时办理。清税完毕后一方税务机关及时将本部门的清税结果信息反馈给受理税务机关，由受理税务机关根据国税、地税清税结果向纳税人统一出具《清税证明》，并将信息共享到交换平台。
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